主线关卡为一次性关卡，不可重复挑战。由指挥官等级控制开启关卡。在游戏中属于贯穿全线的核心系统，从各位指挥官创角之初就一直伴随大家成长着。通过挑战主线关卡，可以开启游戏中部分功能，也可获得大量指挥官经验、游戏经验、钞票等资源，每一章主线关卡的boss通关还会产出英雄或英雄之魂，并且关卡挑战越多，挂机奖励也越多。